Karar, Unesco komitesinin Çin'deki bir toplantısında yaptığı gizli oylamanın ardından alındı.
Unesco, planlanan yeni Everton FC stadyumu da dahil olmak üzere gelişmelerin tarihi alanın "ciddi bir şekilde bozulmasına" yol açtığını söylemişti.
Karar, kentin belediye başkanı tarafından "anlaşılmaz" olarak nitelendirildi.
Joanne Anderson, "Dünya Mirası alanımız, düzinelerce listelenmiş binada ve kamusal alanda yüz milyonlarca poundluk yatırımdan yararlandığı için hiç bu kadar iyi durumda olmamıştı," dedi.
"Unesco'nun şehri kendi gözleriyle görmek için şehri ziyaret etmesinden on yıl sonra gelen" kentin karara itiraz edip edemeyeceğini incelemek için hükümetle birlikte çalışacağını söyledi.
Liverpool Şehir Bölge Belediye Başkanı Steve Rotheram, kararın "yerde olup bitenlerin gerçekliğini yansıtmayan geriye dönük bir adım" olduğunu söyledi.
"Liverpool gibi yerler, miras statüsünü korumak veya geride kalmış toplulukları canlandırmak ve onunla birlikte gelen iş ve fırsatlar zenginliği arasındaki ikili seçimle karşı karşıya kalmamalı" dedi.
Liverpool Riverside Milletvekili İşçi Partisi'nden Kim Johnson, "şehrim ve yaptıklarımız ile gurur duymaya devam ettiğini" söyledi.
"İnsanlar buraya harika bir şehir olduğu için geliyor ve ben hayal kırıklığına uğrasam da bir şehir olarak dirençliyiz ve her zaman savaşacağız."
Hükümet "son derece hayal kırıklığına uğradığını" ve Liverpool'un "tarihi rıhtımların ve daha geniş şehrin tarih boyunca oynadığı önemli rol göz önüne alındığında" miras statüsünü hala hak ettiğine inandığını söyledi.
Liverpool, listenin 1978'de başlamasından bu yana Dünya Mirası statüsünü kaybeden üçüncü site oldu, diğer ikisi 2007'de Umman'ın Arap Oryx Koruma Alanı ve 2009'da Almanya'daki Dresden Elbe Vadisi.
Kararı açıklayan komite başkanı, 13'ü şehrin silinmesi lehinde, beşi öneriye karşı ve iki oy pusulasının geçersiz olduğu 20 oy kullanıldığını söyledi.
Liverpool'un Liberal Demokrat lideri Richard Kemp, bunun şehir için bir "utanç günü" olduğunu söyledi ve "şüphesiz turizmimizi ve iç yatırımımızı etkileyeceğini" de sözlerine ekledi.
Şehir, Tac Mahal, Mısır Piramitleri ve Canterbury Katedrali gibi yerleri birleştirerek tarihi ve mimari etkisinin tanınmasıyla 2004 yılında çok imrenilen ünvana layık görüldü.
İngiliz İmparatorluğu döneminde büyük bir ticaret merkezi olarak tarihini ve mimari simge yapılarını tanıdı.
Bununla birlikte, Dünya Mirası Komitesi tarafından Haziran ayında yayınlanan bir rapor, şehrin sahilindeki gelişmelerin "geri dönüşü olmayan nitelik kaybı" ile sonuçlandığını söyledi.
Liverpool Waters projesine ve Everton'ın Bramley Moore Dock'ta inşa edilen yeni stadyumuna atıfta bulundu.
